校章として明治19年に滋賀県商業学校として創立した当時から使われています。

六角形が滋賀県の表象なのは、近江の守護大名の佐々木六角氏に由来するもので、全国で10番目の商業学校であり、最初の「県立」商業学校ということにより、滋賀県の表象の六角形と「商」の字が取り入れられました。

その後、昭和30年の普通科分離に伴い、校章の検討がされ、それまで直線的であった六角形を現在のゆるい弧を描いた六角形に「商」の字とするもの（当時の生徒がデザイン）が採用されました。