- 1878年（明治11年）
- 5月28日フランス・シャルトル聖パウロ修道女会の三修道女来函。
元町に授産所・施病院・孤児院を開設し、教育事業をおこす。 - 1886年（明治19年）
- 1月1日聖保禄女学校開校。
- 1942年（昭和17年）
- 10月元町高等女学校と改称。
- 1944年（昭和19年）
- [幼]元町に社団法人日本聖保禄会函館支部附属さゆり保育園開設。
（函館白百合学園幼稚園の前身） - 1950年（昭和25年）
- [幼]財団法人白百合学園函館白百合学園高等学校附属白百合幼稚園として発足。
- 1951年（昭和26年）
- [幼]学校法人白百合学園幼稚園と改称。
- 1951年（昭和26年）
- 函館白百合学園高等学校と改称。函館白百合中学校と改称。
- 1964年（昭和39年）
- [幼]山の手園舎に移転。
- 1978年（昭和53年）
- 9月創立100周年記念式典。
- 1980年（昭和55年）
- 4月山の手新校舎へ移転。
- 1986年（昭和61年）
- 4月LBコース（特別進学コース）設置。
- 1988年（昭和63年）
- 2月聖堂・図書室・食堂など増改築落成。
- 1991年（平成3年）
- 4月SEコース（文系進学コース）設置。
- 1994年（平成6年）
- 暁の星ハウス落成。
- 1995年（平成7年）
- ルルド落成。
- 1997年（平成9年）
- 4月函館白百合学園中学校再開。
- 1998年（平成10年）
- 普通コースをVSコース（総合コース）と改称。
- 2003年（平成15年）
- 創立125周年記念式典。
- 2005年（平成17年）
- VSコースを改変し、総合進学コースと看護医療系進学コースに。
- 2012年（平成24年）
- 3月SEコース（文系進学コース）廃止。
- 2014年（平成26年）
- マリア寮閉寮。
- 2016年（平成28年）
- [幼]施設給付型幼稚園へ移行。
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